Según ya nos introdujera W. H. Hudson en 1891, la vizcacha es, tal vez, el más característico de los roedores de Sudamérica. Su genoma se obtuvo recientemente mediante tecnologías de ultima generación desarrolladas por el consorcio DNAZoo al cual este grupo de investigación pertenece. Este proyecto tiene por objetivo crear una base de datos de referencia exhaustiva de genomas animales mediante el aprovechamiento de tecnologías de secuenciación de ADN de alto rendimiento combinadas con la técnica de ensamblado de genomas por Hightrouput Chromosome Conformation Capture (HiC). Al integrar los datos de Hi-C con las secuencias de ADN, se pueden construir ensamblados de genomas de mayor calidad, llegando incluso a obtenerse ensamblados que reconstruyan completamente los cromosomas de la especie en cuestión. Esto resulta en un aumento considerable de la contigüidad de los ensamblados, respecto a los métodos de ensamblado tradicionales.
El grupo liderado por la investigadora del IBYME Patricia Saragüeta y compuesto por las becarias doctorales Clara Campos, Luciana Ant y Francisco Pisciottano (investigador CONICET) trabajan con esta tecnología con el objetivo de conocer las interacciones moleculares entre las diferentes regiones de los genomas. La cual permite tanto conocer las conexiones de un gen con sus regiones reguladoras y promotores como también utilizar la información de las interacciones físicas del ADN en el núcleo para lograr mejores ensamblados de los genomas.
La vizcacha es una especie autóctona no modelo de gran interés en el grupo de los roedores. La muestra a partir de la cual se realizó esta secuenciación fue aportada por el equipo dirigido por el Dr. Alfredo Vitullo en el Centro de Estudios Biomédicos Básicos, Aplicados y Desarrollo (CEBBAD) de nuestra Universidad.
Los datos del genoma de la vizcacha se harán públicos próximamente en www.DNAzoo.org
