Posee en la actualidad 90.000 documentos. Su objetivo es preservar y facilitar para la consulta pública, por parte de los investigadores interesados, documentos relacionados principalmente con el desarrollo de las ciencias naturales y antropológicas en la Argentina. Actualmente está compuesto por:
· Archivo Histórico Institucional, que representa la memoria de la Fundación Azara.
· Archivo Histórico General, integrado por material de distintas instituciones y personalidades de las ciencias naturales y antropológicas, reunido mediante donaciones y planes de adquisición.
· Archivos de Investigadores y Naturalistas, que corresponden a conjuntos de documentos que pertenecieran a investigadores y naturalistas y que se recibieron en donación por parte de ellos mismos, de sus familiares o de sus legatarios para su preservación y consulta pública, por ejemplo, los de Osvaldo A. Reig, Ricardo Bastida, Elio Massoia, Julio R. Contreras, Mauricio A. E. Rumboll, Oscar E. Donadío, Hugo P. Castello y Francisco J. Erize, entre varios otros.
· Archivo Iconográfico, Fotográfico y Audiovisual, integrado por fotografías, materiales audiovisuales, grabaciones e ilustraciones en distintos soportes y formatos, de todas las temáticas abordadas (paisajes naturales, flora, fauna, minerales y rocas, fósiles, sitios paleontológicos y arqueológicos, museos de historia natural, áreas naturales protegidas, científicos y exploradores, etc.).
Se busca consolidar este fondo documental como referente y ejemplo de buenas prácticas en cada área, complementando la labor de otros archivos de instituciones, mayoritariamente estatales, relacionadas con el estudio y la conservación del patrimonio natural y cultural de la Argentina.