La biblioteca se especializa en ciencias naturales y antropológicas. Con más de 120.000 volúmenes en su haber, es un recurso clave que no solo beneficia a los académicos de la universidad y de la fundación, sino también a investigadores, docentes y estudiantes de otras instituciones. Aquí se preservan obras significativas, siendo el libro más antiguo Rariorvm plantarvm historia, dedicado a la botánica y la micetología y publicado en 1601 por Carolus Clusius. Además, entre otras rarezas, la biblioteca posee una colección especial de obras de referentes de la historia natural en la Argentina, que dirigieron o presidieron las primeras instituciones científicas del siglo XIX, como el Museo de Ciencias Naturales de Buenos Aires (1823), la Academia Nacional de Ciencias, en Córdoba (1869) y la Academia Nacional de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales (ANCEFN) (1874). Entre estas figuras destacan Germán Burmeister, Carlos Berg, Florentino Ameghino, Ángel Gallardo, Eduardo Holmberg y Clemente Onelli. Algunos de sus libros contienen dedicatorias y se conservan en el fondo antiguo de la biblioteca.
Se encuentra entre las tres bibliotecas más importantes de ciencias naturales existentes en la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, junto con la del Museo Argentino de Ciencias Naturales Bernardino Rivadavia y la de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales de la Universidad de Buenos Aires.
Además de su colección de ciencias naturales (geología, paleontología, botánica, zoología y ecología), la biblioteca cuenta con una creciente colección sobre historia de las ciencias naturales y antropológicas, viajeros y expedicionarios, arqueología, etnografía, folklorología, museología, gestión y derecho ambiental.
Esta biblioteca se compone de 5.000 volúmenes de libros y revistas vinculados con el campo de los estudios sociales de la ciencia y la tecnología, y corresponden a lo que fuera la biblioteca personal de la Dra. Hebe Vessuri, en la actualidad la representante más importante de los estudios sociales de la ciencia en América Latina.